Ekolojik tarımda bitki koruma ile ilgili esaslar göz önünde bulundurulmalıdır. Yabancı ot mücadelesinde mekanik, kültürel yöntemlerin yanında çevre dostu olan doğayı kirletmeyen kimyasallar kullanılmaktadır. Bu esaslar doğaya zarar vermeyen bir üretim sistemini sağlar. Organik tarımda yabancı ot mücadelesinde sürdürülebilirlik için önemli ilkeler şunlardır: Ekolojik tarımın toprağı canlı bir varlık kabul etmesi ve üretimin her kademesinde toprağın korunması, Sentetik kimyasallar ile, doğaya yabancı maddelerin kullanılmaması, Stres koşulları, hastalık ve zararlılara dayanıklı istikrarlı çeşitlerin seçilmesi, Düşük enerji kullanılması, Aşırı pestisit, herbisit, gübre, hormon kullanımının bırakılması, Toprak sağlığı, ekim nöbeti, dayanıklı çeşitler, uygun bitki sıklığı uygulanması, 18.12.1994 gün ve 22145 sayılı Resmi gazetede yayınlanan bitki koruma maddeleri listesine uyulması gerekir.


Sonuç olarak, organik ya de ekolojik tarım, entansif tarım sonucu hatalı uygulamalar ile kaybolan doğal dengeyi yeniden kurmaya yönelik, insan ve çevreye dost üretim sistemlerini kapsamaktadır. Bu sistem ile tarım yapılan toprakta, üretilen üründe bakiye etki bırakmayan girdiler kullanılabileceği gibi organik ve yeşil gübreleme, ekim nöbeti, toprak muhafazası, dayanıklı çeşit, zararlılar