Göynük'te ilk Osmanlı akınları 1292'de görüldü. Ertuğrul Gazi'nin yakın dostu Samsa Çavuş ve Sülemiş Mudurnu Yaylasında Hristiyan-Müslüman yakınlaşmasını sağlamışlardı. Köse Mihal'in yol göstermesi ile Sakarya suyunu geçen Osman Gazi, Samsa Çavuş ile buluştu. Göynük, Taraklı ve Mudurnu kalelerini içine alan hücumda büyük başarı sağlandı. Nihayet Osman Gazi'nin son dönemlerinde 1323 yılında Göynük ve civarı fethedilerek Osmanlı toprağı oldu. Orhan Gazi devrinde 1333 yılında Geyve, Göynük, Mudurnu üzerinden Bolu'ya gelen İbn-i Batuta, bu havaliyi yalnız Türkmenlerle meskûn görmekle kalmıyor. Aynı zamanda hemen her uğradığı şehir ve kasabada Ahi zaviyelerinde konakladığını belirtiyor.
Muhtemelen bir otorite boşluğundan sonra 1330'lu yıllarda Orhan Gazi'nin oğlu Gazi Süleyman Paşa Taraklı, Göynük, Mudurnu civarına gelmiş ve hakimiyeti yeniden tesis etmiştir. Aşıkpaşazade'nin ifadesiyle; "Süleyman Paşa dahi o kadar adalet gösterdi ki, bütün o memleketlerin halkı derlerki, Ne Olur? Eski zamanlardan beri bunlar bize beğ olaydılar! çok köyler bu Türk kavmini gördüler. Müslüman oldular. O memlekette ne kadar mülkler vardır ki hepsi Süleyman Paşa'nın verdiği karar üzerine durur". Göynük'te Gazi Süleyman Paşa'nın yaptırdığı Camii ve Hamam halen mevcut olup, hizmet vermektedir.
Evliya Çelebi de Göynük'e yaptığı seyahatte "8 mahallesi 2000 kadar evi vardır, ahalisi tamamen Türktür. 20 Sıbyan mektebi varsa da medrese yoktur" demektedir. Ayrıca Gazi Süleyman Paşa tarafından yaptırılan Camii ve Hamamın yapılışını hikaye etmektedir.

Fatih Sultan Mehmet'in hocası Akşemseddin'in Göynük'deki Türbesi 1464 yılında Fatih Sultan Mehmed tarafından yaptırılmıştır. Kefeki taşından yapılmış kasnaksız bir kubbe ile örtülü altıgen planlı bir yapıdır. Girişi doğu yönündedir. Kapının üzerinde sivri kemerli bir alınlık yer alır.
Türbenin içi çok sadedir. Kubbenin oturduğu pandantifler ilgi çekicidir. Her kenarda, altta ve üstte ikişer sıra halinde yer alan pencerelerden üst sıradakiler geç devre ait renkli camlı alçı şebekelerle süslenmiştir. Akşemseddin'in sandukası 2.50x0.50 metre boyutunda, kapıdan içeri girince sağdadır. Ceviz üzerine kabartma yazı ile süslü olan bu sanduka Osmanlı ağaç işçiliğinin güzel bir örneğidir. Kapaklar nar çiçeği kabartması ile süslenmiştir. Türbede ayrıca Akşemseddin'in oğulları Sadullah ile Emrullah çelebilerin sandukaları vardır.
Göynük İlçesinde her yıl 29 Mayıstan bir önceki pazar günü Akşemseddin Hazretleri'ni anma günü düzenlenmektedir. Büyük katılımların olduğu bu günde bilimsel nitelikte sempozyumlar da gerçekleştirilmektedir