Mehmet Ali Ağca, 1 Şubat 1979'da Milliyet Gazetesi Başyazarı Abdi İpekçi'ye düzenlenen suikastın tetikçisi olarak 25 Haziran 1979'da yakalandı. Ağca, çeşitli ifadelerinde Oral Çelik, Mehmet Şener, Yavuz Çaylan'ın isimlerini verdi.

Polis tarafından soruşturma sürdürülürken gereken ek gözaltı süresi verilmedi ve Ağca, Maltepe Askeri Cezaevi'ne kondu.

23 Kasım 1979'da aynı cezaevinden kaçırılan Ağca, 26 Kasım 1979'da Milliyet Gazetesi yakınındaki bir çöp kutusunda bulunan mektupta kendi el yazısıyla Papa'yı vuracağını bildirdi. 28 Nisan 1980'de İpekçi davasından dolayı ölüm cezasına çarptırıldı.

13 Mayıs 1981'de Papa II. John Paul'e suikast düzenleyen Ağca, olay yerinde yakalandı. Papa soruşturması boyunca 128 kez ifade verdi, 22 Mart 1986'da ömür boyu hapse mahkum edildi.

13 Mayıs 2000'de Papa, Portekiz'in Fatima kentinde, Meryem Ana'nın yaklaşık bir asırdır saklanan üçüncü sırrını açıkladı. Papa, 83 yıl önce üç çocuğa görünerek üç sır veren Meryem Ana'nın Ağca suikastını o zamandan bildiğini ve kendisini ölümden kurtardığını söyledi. Papa'ya suikast girişiminin anahtarının Fatima kentinin üçüncü sırrında olduğunu iddia eden Mehmet Ali Ağca, bu sırrın açıklanmasını istemişti. Tarihlerin de bunu doğruladığını savunan Ağca, serbest kaldıktan sonra Fatima kentini ziyaret etmek istediğini sık sık dile getirmiş, bu kente yerleşmek istediğini söylemişti.

Papa'nın Fatima'nın üçüncü sırrını açıklamasının ardından Ağca, "O gün bin kere de ateş edilseydi Papa yine kurtulurdu" dedi.
Türkiye'ye iade edildi

13 Haziran 2000'de İtalya Cumhurbaşkanı Carlo Azeglio Ciampi, Ağca'nın affını imzaladı. Ağca, THY'ye ait kargo tipi bir uçakla sabaha karşı İstanbul'a getirildi. Sadece gasp suçundan Türkiye'ye iadesi kararlaştırılan Mehmet Ali Ağca'nın Abdi İpekçi cinayetinden tekrar yargılanmasının mümkün olmadığı açıklandı. Kadıköy Adliyesi'nde gasp davasıyla ilgili mahkemeye çıkarılan terörist Ağca'nın ilk sözü, "Ben, Abdi İpekçi'nin katili değilim. Ben sadece bir aktördüm" oldu.


Ağca, suikast sonrası


Ağca, daha sonra çıkarıldığı bütün duruşmalarda şov yaptı. Her duruşmadan sonra basın mensuplarına mektup dağıtan Ağca, Vatikan'a tehdit savurdu. Vatikan'dan hesap soracağını ileri süren Ağca, "Katolik olmam için Vatikan bana 50 milyon dolar, özgürlük ve kardinallik önerdi. Vatikan'da kral olmaktansa, Afrika'da maymun olmayı tercih ederim" dedi.
Erken af

Ağca, Kadıköy 1. Ağır Ceza Mahkeme'sinde görülen gasp davasında, iki gasp suçundan toplam 36 yıl ağır hapis cezasına çarptırıldı. Ağca'nın bu cezası, hapiste kaldığı süre ve iyi hali gözetilerek 7 yıl 2 aya indirildi. Ancak Ağca, Şartla Salıverilme Yasası'ndan yararlanamadı.
İpekçi davasında tanık olmayı reddetti

Milliyet Gazetesi Başyazarı Abdi İpekçi'nin öldürülmesine ilişkin olarak Yalçın Özbey ve Yusuf Çelikkaya hakkında "Taammüden adam öldürmek suçuna katılmak"tan 20 yıldan aşağı olmamak üzere ağır hapis cezası istemiyle yeni bir dava açıldı. Ancak İstanbul 7. Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki davanın ilk duruşmasına getirilen Ağca, yeni davada tanıklık yapmayacağını söyleyerek yemin etmedi. İfadesini "yeminsiz" veren Ağca, "Yalçın Özbey, bazı yerlerde İpekçi suikastına karıştığını anlatıp övünüyordu. Bu trajedide övünecek ne varsa? Ben bu karanlık suikastın en büyük mağduruyum" dedi.